Portál sciencemag.org prináša zaujímavé novinky. Tím prominentných vedcov potvrdil pôvodne „kontroverznú“ hypotézu, že genetické časti koronavírusu sa môžu integrovať do ľudských chromozómov a držať sa tam aj dlho po odznení infekcie.
Toto zistenie by mohlo vysvetliť zriedkavý úkaz, keď ľudia napriek zotaveniu sa z COVID-19 môžu mať ešte aj o niekoľko mesiacov pozitívny test na SARS-CoV-2.
Informácie vyšli po prvýkrát v decembri 2020.
Biológ zaoberajúci sa kmeňovými bunkami Rudolf Jaenisch a špecialista na génovú reguláciu Richard Youn, z Massachusettského technologického inštitútu (MIT), ktorí prácu viedli, spustili v decembri 2020 na
Twitteri búrku, keď ich tím túto myšlienku predstavil po prvýkrát. Vedci zdôraznili, že vírusová integrácia neznamená, že ľudia, ktorí sa zotavili z COVID-19, zostávajú infekční.
Kritici ich však obvinili zo šírenia nepotvrdených obáv, že nové typy vakcín na COVID-19, založené na takzvanej „messengerovej“ RNA (mRNA) môžu zmeniť ľudskú DNA. Janesich a Young zdôrazňujú, že ich výsledky, pôvodné aj nové, nijako nenaznačujú, že tieto vakcíny môžu integrovať svoje sekvencie s ľudskou DNA. Vedci predstavili aj odbornú kritiku v
dokumentoch zverejnených on-line. „Teraz máme jednoznačný dôkaz, že koronavírusové sekvencie sa môžu integrovať do genómu," povedal Jaenisch.
DNA SARS-CoV-2 sa môže usadiť v bunkách
SARS-CoV-2 je vírus, ktorý spôsobuje COVID-19. Má gény zložené z RNA. Jaenisch, Young a spoluautori tvrdia, že v zriedkavých prípadoch môže enzým v ľudských bunkách kopírovať vírusové sekvencie do DNA a „prepašovať ich“ do našich chromozómov. Enzým, reverzná transkriptáza, je kódovaný prvkami LINE-1, sekvenciami, ktoré predstavujú artefakty starodávnych infekcií retrovírusmi. Vedci v pôvodnej štúdii predložili dôkazy získané z pokusov v skúmavkách - keď boli ľudské bunky obohatené o ďalšie prvky LINE-1, infikovali sa koronavírusom a DNA verzie sekvencií SARS-CoV-2 sa usadili v chromozómoch buniek.
Mnoho vedcov, ktorí sa špecializujú na prvky LINE-1 a ďalšie „retrotranspozóny“, si myslelo, že údaje sú príliš krehké na to, aby sa uzávery dali potvrdiť. „Keby som aj mal tieto údaje, nepublikoval by som ich," povedal vtedy kriticky Cedric Feschotte z Cornell University, ktorý sa venuje výskumu častí endogénnych retrovírusov v ľudskom genóme. Spolu s ďalšími vedcami tiež uviedol, že od vedcov kalibru Jaenisch a Young by očakávali kvalitnejšiu prácu.
Zverejniť údaje už v decembri bolo chybou
Jaenisch, Young a kolegovia v najnovšom dokumente uznávajú, že technika, ktorú náhodne použili, vytvára takzvané ľudsko-vírusové chiméry. „Myslím si, že toto platí," povedal Jaenisch. Dodal, že keď dokument prvýkrát v decembri odoslali do odborného časopisu, vedeli, že potrebujú silnejšie údaje. Dúfali, že ich získajú počas procesu overovania. Avšak časopis, ako mnoho iných, vyžaduje od autorov, aby okamžite zverejnili všetky už kompletné výsledky. „Pravdepodobne som to ešte na BioRxiv nemal dávať. Bol to nesprávny úsudok,“ povedal Jaenisch.
Ďalšie pokusy teóriu potvrdili
V novom dokumente vedecký tím poskytuje ďalšie dôkazy, že samotné artefakty nedokážu vysvetliť zistené hladiny chimérnej (zmiešanej) vírusovo-ľudskej DNA. Vedci tiež poukazujú na to, že časti prvkov LINE-1 lemujú integrovanú vírusovú genetickú sekvenciu, čo podporuje ich hypotézu. Spolupracovali s jedným z pôvodných skeptikov Stephenom Hughesom z Národného onkologického ústavu. Ten navrhol experiment, ktorý by objasnil, či je integrácia skutočná alebo len zdanlivá. „Výsledky podporujú pôvodnú hypotézu. Ukázalo sa, že táto analýza je dôležitá,“ potvrdil Hughes, spoluautor nového článku.
„Integračné údaje v bunkovej kultúre sú oveľa presvedčivejšie než tie, ktoré boli predstavené v prvom článku. Avšak stále nie sú úplne jednoznačné,“ povedal Feschotte, ktorý teraz už nazýva Jaenischovu a Youngovu hypotézu „pravdepodobnou“. Uznáva, že SARS-CoV-2 môže v človeku pretrvávať aj mesiace bez integrácie s jeho génmi.
Stále sú tu aj pochybnosti
Skutočnou otázkou je, či majú údaje o bunkovej kultúre nejaký význam pre ľudské zdravie alebo diagnostiku. „Ak neexistujú dôkazy o integrácii u pacientov, z týchto údajov si môžeme odniesť maximálne to, že je možné detegovať retropozície RNA SARS-CoV-2 v infikovaných bunkových líniách, kde je nadmerne exprimovaná L1,“ povedal Feschotte. „Klinický alebo biologický význam týchto pozorovaní, ak existujú, je v tomto okamihu otázkou čírych špekulácií," dodal.
Tím Jaenischa a Younga informuje o integrácii SARS-CoV-2 s tkanivom živých aj zosnulých pacientov s COVID-19. Vedci konkrétne zistili vysoké hladiny typu RNA, ktorá sa produkuje iba integrovanou vírusovou DNA, keď si bunka „číta“ svoju sekvenciu na výrobu proteínov. Young však priznáva: „Zatiaľ o tom nemáme priame dôkazy.“
Harmit Malik, špecialista na starodávne vírusy v ľudskom genóme z Výskumného centra pre rakovinu Freda Hutchinsona, tvrdí, že je tu legitímna otázka: „Prečo sa u ľudí, ktorí by mali byť už od vírusu čistí, niekedy v teste ukáže pozitívna polymerázová reťazová reakcia?“ Stále však nie je presvedčený, že vysvetlením je integrovaný vírus.
Nová téza vraj hrá do karát antivaxerom
Od decembra sa kontroverzia rozhodne rozrástla. Young aj Jaenisch tvrdia, že za ich prvé vydanie článku schytali väčšiu kritiku, než za akékoľvek iné štúdie za celú svoju kariéru. Čiastočne preto, že niektorí vedci sa obávali, že ich téza hrá do karát
skeptikom očkovania, ktorí šíria falošné tvrdenia o nových vakcínach mRNA. „Ak niekedy existovalo prvé vydanie článku, ktorá by malo byť odstránené, je to toto! Bolo nezodpovedné dokonca to vydávať ako pred-vydanie, vzhľadom na nedostatok relevantných dôkazov. Toto teraz niektorí využívajú na šírenie pochybností o nových typoch vakcín,“ uviedla vtedy v komentári k článku v bioRxiv mikrobiologička Virgínskej univerzity Marie-Louise Hammarskjöld.
