„Tento vírus sa vyvíja a to je to, čo od neho očakávame,“ hovorí Thushan de Silva, lekár pre infekčné choroby na univerzite v Sheffielde a člen konzorcia Covid-19 Genomics UK (COG-UK). Konzorcium prispelo viac ako 50 000, čiže zhruba polovicou, sekvencií vírusového genómu, ktoré sa doteraz zhromaždili globálne.
Všetky sekvencie Sars-CoV-2 sú uložené v GISAID (Globálna iniciatíva na zdieľanie všetkých údajov o chrípke). Každá sekvencia pochádza od infikovaného jedinca a ich zhromaždením a porovnaním môžu vedci sledovať mutácie vírusového genetického kódu a v určitom zmysle aj históriu života Sars-CoV-2.
Vedci si dávajú pozor na mutácie, ktoré sa rýchlo šíria, najmä ak tak robia na samostatných miestach. Mohli by patriť k tej vzácnej menšine, ktorá mení spôsob chovania vírusu - možno tým, že je prenosnejšia medzi ľuďmi alebo sa dokáže lepšie vyhnúť imunitnému systému hostiteľa.
Táto zmena by mohla tlačiť na variant, ktorý by dominoval vo vírusovej populácii prostredníctvom prirodzeného výberu, ak by spôsobil vírusovú zdatnosť alebo lepšiu schopnosti prežiť a reprodukovať sa, a to by pre ľudí mohla byť zlá správa.
Na jar v národnom laboratóriu Los Alamos v Novom Mexiku sa výpočtová biologička Bette Korber a jej tím zaoberali vytváraním matematických postupov, ktoré by označili takýchto páchateľov v dátach GISAID.„Nečakali sme, že niečo uvidíme tak rýchlo,“ hovorí. Ale už mali kandidáta: „Mutácia D614G sa ukázala ako takýto prípad začiatkom apríla.“
Prenosnejšie a rovnako nebezpečné
Vedci
informovali o svojom náleze oficiálne v časopise Cell v auguste spolu so záverom, že vďaka prepínaču bol vírus prenosnejší, ale nie viac - ani menej nebezpečný. Či sa vírus od jari lepšie šíri medzi ľuďmi, je predmetom živých
diskusií , väčšina vedcov sa však zhoduje, že zmena závažnosti ochorenia nemala žiadny vplyv. "V našom súbore 1 000 sekvenovaných jedincov pozitívnych na Covid nebolo pravdepodobnejšie, že by tí, ktorí niesli mutáciu G, boli hospitalizovaní alebo na jednotke intenzívnej starostlivosti," hovorí De Silva.
Na východnom a západnom pobreží USA sa pravdepodobne vyskytla iná línia - prvá z Európy, druhá z východnej Ázie, ale nie je dôvod sa domnievať, že tieto choroby spôsobovali rôzny priebeh. Dáta tiež nepodporujú špekulácie, že Afrika dostala rôzne formy vírusu z Európy a USA, a to vysvetľuje, prečo sa zdá, že infekcie v Afrike sú v porovnaní s ostatnými mierne.
Globálne úsilie o sekvenovanie je celkovo pôsobivé, ale vo svojom pokrytí nerovnomerné, pretože bohatšie krajiny nevyhnutne prispievajú viac ako chudobnejšie. Celoafrické úsilie koordinované Africkými centrami pre kontrolu a prevenciu chorôb napriek tomu do konca júla prispelo k GISAID viac ako 1 000 sekvenciami a na základe nich je zrejmé, že všetka genómová rozmanitosť pozorovaná v Sars-CoV-2 globálne je
aj v Afrike.
Podľa
, projektu sledujúceho rozširujúci sa rodokmeň Sars-CoV-2 v reálnom čase, bol vírus dovtedy do Afriky dovezený najmenej 270-krát zo všetkých ostatných kontinentov.
Svetová zdravotnícka organizácia
že úmrtnosť na Covid-19 bola v Afrike nižšia ako v iných častiach sveta, a to aj napriek relatívne zlej zdravotníckej infraštruktúre v mnohých afrických krajinách. Je ťažké predpokladať, či ide o artefakt generovaný testovaním a vykazovaním rozdielov, ale ak je skutočný, nejde o výsledok vírusovej evolúcie.
Dôvody, prečo sú skúsenosti v Afrike s Covid-19 odlišné, ak existujú, musia podľa Jinal Bhimana z Juhoafrického národného ústavu pre prenosné choroby v Johannesburgu spočívať v hostiteľskej populácii alebo v prostredí.
Jedným z faktorov, ktorý prispieva, je takmer určite priemerná porovnateľná populácia. Ďalšou teóriou skúmanou v Južnej Afrike je, že uzamknutie nezabránilo šíreniu vírusu cez husto osídlené neformálne osady v krajine, kde sa obmedzenia uplatňovali menej dôsledne. "To je dôvod, prečo teraz, s uvoľňovaním obmedzení, nevidíme nárast prípadov alebo hospitalizácií," hovorí Bhiman.
Keď vedci v auguste informovali o svojich zisteniach týkajúcich sa vakcíny D614G, bola tu jedna otázka, na ktorú ešte nedokázali odpovedať, ale ktorá ich hlboko znepokojila - znížila by sa ochranná sila vyvíjaných vakcín, z ktorých väčšina vyvoláva protilátky zamerané na pôvodné vakcíny?
David Montefiori, imunológ na Dukeovej univerzite v Severnej Karolíne, a autor publikácie Cell paper, extrahoval protilátky z krvi odobratej ľuďom, ktorí boli infikovaní obomi formami vírusu, a zo zvierat a ľudí, ktorí dostali experimentálne vakcíny vrátane tej, ktorú vyvinula spoločnosť
.
Zmiešaním týchto protilátok s pseudovírusom - neškodným vírusom na svoje prekvapenie zistil, že pseudovírusy nesúce G formu boli protilátkami ľahšie blokované alebo neutralizované ako protilátky nesúce D formu . "Predpokladáme, že táto mutácia bola získaná, aby sa vírusu poskytla výhoda vhodnosti na prenos, ale zároveň bol trochu citlivejší na neutralizáciu," hovorí.
Z toho vyplýva, že pripravované vakcíny budú skutočne pôsobiť o niečo lepšie proti dominantnej G forme vírusu ako proti pôvodnej D forme. Toto zistenie ešte nebolo publikované v recenzovanom časopise, iní však dospeli k podobným
.
Ak majú pravdu, je to dobrá správa. A ďalšie dobré správy vyšli z laboratória Paula Bieniasza, virológa na Rockefellerovej univerzite v New Yorku, ktorý sa väčšinu tohto roka snažil identifikovať protilátky proti vírusu, ktoré by sa dali klonovať a terapeuticky použiť na Covid-19.
„Kedykoľvek vyvíjate antivírusové liečivo, musíte myslieť na rezistenciu,“ hovorí Bieniasz. Ak má protilátková terapia zostať účinná dlho, je zrejmé, že sa treba vyhnúť rezistencii vírusu na protilátky. Ale aby sa tomu zabránilo, musia vedci najskôr pochopiť, ako sa objavuje. Vďaka stabilite Sars-CoV-2 a jej novosti - neboli doteraz rezistentné formy u ľudí pozorované.
Podľa jeho slov by pacientom malo stačiť iba podanie kombinácie dvoch rôznych protilátok, aby sa tomu zabránilo, je to poučenie z HIV. "To obrovsky znižuje pravdepodobnosť vzniku rezistentných vírusov, pretože vírus sa musí replikovať, aby získal odolnosť voči obom protilátkam." A hoci zatiaľ nikto nevie, ako bude vírus reagovať, ak bude v populácii existovať značná imunita alebo vakcína, má podozrenie, že rezistencia na protilátky nebude veľkým problémom.
Vzhľadom na stabilitu vírusu je pravdepodobné, že vakcíny proti nemu budú tiež potrebné každoročne aktualizovať, čo sa týka aj chrípky.
De Silva hovorí, že
globálna
spôsobená vírusovými mutáciami, aká bola pozorovaná pri pandémii chrípky v roku 1918, je stále veľmi nepravdepodobná, pretože sa zdá, že tento vírus je menej náchylný na zmeny.
Sars-CoV-2 by však mohol urobiť čokoľvek, a preto sledovanie pokračuje. Napríklad v Singapure bol hlásený vírusový
ktorý, ako sa zdá, vyvoláva u ľudí silnejšiu imunitnú odpoveď a spôsobuje miernejšie ochorenie.
Aj keď sú správy povzbudivé, alebo aspoň nie úplne zlé, zdá,, že Sars-CoV-2 je síce nebezpečný vírus schopný globálneho šírenia ale časom sa vyvinie do priaznivejšieho stavu. Ako hovorí De Silva, tento konkrétny vírus sa ľahko rozšíril, pričom spôsobil mierne alebo žiadne ochorenie u väčšiny infikovaných jedincov a iba závažné ochorenie u menšiny, čo znamená, že na neho nie je vyvíjaný žiadny tlak, aby sa jeho virulencia ešte znížila.
